Affymetrix公司开发DNA测序和芯片新技术

Affymetrix公司日前宣布说，他们正在开发一种将DNA测序和芯片技术相结合的新技术。该公司的主席Stephen Fodor在JPMorgan卫生保健会议上说，Affy将利用新的化学知识在捕获了部分基因组的矩阵上配置酶测序反应，从而使得能够同时利用聚合酶和连接酶反应。

　　Fodor表示，这种新技术是也是他们在上月以7500万美元收购USB公司的其中一个原因。USB公司出售分子生物学和生物化学试剂产品。在二十世纪八十年代，该公司开始出售Sequenase DNA聚合酶和DNA测序试剂盒。Fodor没有公布有关用于这个新系统的测序化学的进一步细节内容以及Affy计划何时制造出一个新的测序产品。Fodor表示，这种技术提供的酶序列数据江能够用于新的芯片产品。Fodor还提及Affy公司计划今年上半年内向市场投放一套超高分辨率拷贝数变异CHIPS。这套三芯片产品中每个芯片都含有人类基因必须部分的1000完歌50-mer探针，总共覆盖了15亿个碱基对。

　　在2006年初，Affymetrix公司推出了GeneChip（R）人类和鼠源嵌合芯片（Tiling  Array）系列产品，这是目前市面上商业化的全基因组转录产物作图芯片。这系列芯片研究范围大大超出已知编码蛋白序列，可以对整个人类和小鼠基因组进行系统的研究。研究人员可以利用这一芯片对转录因子和其它蛋白结合结构域进行研究。近更有研究人员利用Affymetrix的嵌合芯片在过去认为是垃圾DNA的区域中间找到了许多以前从未发现过的转录活性区域。

　　Affymetrix公司是目前全球基因芯片行业的领头羊。它从1994年起就开始提供商业化的芯片产品。Affymetrix以其专利的寡聚核苷酸原位光刻合成技术，年产各类寡聚核苷酸基因芯片达到几十万张，占据了表达谱基因芯片科研市场的一半以上，经过了将近十年的研究和开发，已经在国际上赢得了很高的盛誉，同时也成为为数极少的已经盈利的生物芯片公司。

　　2007年4月，Affymetrix公司宣布将启动一项计划，以资助欧洲研究中心的芯片相关癌症研究。通过癌症研究项目的合作，Affymetrix公司表示，它将给予一些利用一系列芯片应用研究项目和致力于了解和发现10种类型癌症的项目经费支持。这项研究计划将在欧洲的数个学术研究机构执行。该公司表示，这些研究计划将利用芯片进行拷贝数分析、基因表达分析和染色质免疫沉淀分析和拼接模式分析。 Affy还表示，它将帮助研究人员获得工具和培训，并且还将会举办论坛以促进研究人员之间的信息交流、分享实践经验。

　　参与这些研究计划的研究人员将会对白血病、乳腺癌、肺癌、前列腺癌、甲状腺癌、皮肤癌和其他器官癌症进行研究。 Affy表示，这些研究的结果将会在今年年底由它发起的会议上公布。该公司还计划在2007年将这项研究计划拓展到日本和北美地区的研究机构。

　　另外，2006年12月，美一法院文件公布，安捷伦公司和Affymetrix公司就之前美国专利商标局USPTO (The US Patent and Trademark Office) 的专利纷争达成了共识。在美国加利福尼亚北部地方法院的文件中提到，Affymetrix和安捷伦公司的代表同意到2007年11月1日将进行一个替代性纠纷解决（alternative dispute）庭议。

　　从1997年起，各地陆续爆发了几十件生物芯片专利纠纷，其中颇受瞩目的有Affymetrix和Hyseq公司的诉讼案，Affymetrix公司和Incyte基因组公司案，以及Affymetrix公司与牛津基因技术有限公司的案件。2006年11月，安捷伦要求美一法院重新审议有关USPTO的“一Affymetrix专利申请并没有触犯到现存的安捷伦专利”的决议，安捷伦认为Affy的美国专利号为No.10/619,224的专利申请是安捷伦在2003年2月获得的No.6,513,968号专利的“literally copying”。

　　在Affy向USPTO提出专利申请之后，安捷伦发出了申辩，但是USPTO认为Affy的申请是有效的，并且取消了安捷伦几个968号专利的的声明。11月安捷伦重新提出诉讼，Affy公司回应表示10/619,224专利申请是其早于安捷伦公司提出的一系列申请中的一个，而且也提到“USPTO认为Affy早的申请比安捷伦的要早三年多”。