新思路：氧化应激相关基因构建肿瘤预后模型

01、构建肺癌患者预后的signature

对80个氧化应激相关基因（OXRG）进行了单变量Cox回归分析（相关性得分>20）。作者共鉴定出10个具有预后价值的OXRG(图1A)，包括8个HR>1的预后基因(MRPL44、CYCS、G3BP1、GFM1、SOD1、TXN、OSGIN2和CRP)和2个HR<1的预后基因(CAT和XBP1)，即LUAD患者的8个危险因素和2个保护因素。

02、风险评分对肺癌患者的有效性

作者根据每个LASSO系数和表达值计算了每个LUAD患者的OS评分。作者比较了TCGA数据库中LUAD患者的OS评分，包括临床特征（分期，性别，年龄和生存状态）等。总体而言，OS评分高的患者更可能具有MRPL2和CYCS的高表达，而OS评分高的患者与CAT的低表达密切相关。采用Kaplan-Meier分析分析TCGA中LUAD患者的生存和预后。

为了进一步验证，作者纳入了两个独立的外部数据集（GSE31210和GSE3），并观察到OS评分较低的LUAD患者的临床结局明显更好。因此，OS特征可能作为LUAD的预后因素。

03、预后相关signature的基因突变

对LUAD的OS-signature进行了基因组突变分析。从瀑布图中可以发现，在高os评分的LUAD患者中，TP53、TTN、CSMD3、MUC16、RYR2、ZFHX4、LRP1B、USH2A等是突变率高的基因(图4A)。TP53、TTN、MUC16、RYR2、CSMD3、LRP1B等是低os评分LUAD患者突变率高的基因。两个亚组中TP53、TTN、MUC16、RYR2、ZFHX4、LRP1B、USH2A、SPTA1、XIRP2、KRAS、FLG、COL11A1、FAT3的突变率都比较高。作者进行了Fisher’s Exact检验，以检测互斥或共现事件

04、免疫浸润

由于免疫调节剂(IMs)在肿瘤免疫治疗中起着关键作用，评估了IMs水平(抗原呈递、细胞粘附、共抑制剂、共刺激剂、配体、其他和受体)之间的相关性。os评分高的患者IMs水平较低。从总体上看，随着os评分的增加，基质评分、免疫评分、ESTIMATE评分和浸润免疫细胞群水平均下降。值得一提的是，os评分越高的患者肿瘤纯度越高。

05、药物敏感性

为了寻找更有效的化疗药物治疗高os评分的LUAD患者，作者评估了高os评分和低os评分亚组之间化疗药物敏感性的差异。比较9种化疗药物(Osimertinib_1919、Sapitinib_1549、Acetalax_1804、Ibrutinib_1799、Erlotinib_1168、Gefitinib_1010、AZD3759_1915、Afatinib_1032、Lapatinib_1558)在os评分高、os评分低亚组间的IC50水平。发现os评分高的LUAD患者9种化疗药物的IC50值低于os评分低的LUAD患者，提示os评分高的LUAD患者可能对这9种化疗药物更敏感。

06、生物学实验验证

作者了预后相关signature中的三个基因检测它们在细胞系中的表达。

小编总结

在这项研究中，作者通过TCGA公共数据库确定了八个具有HR>1的预后基因（MRPL44，CYCS，G3BP1，GFM1，SOD1，TXN，OSGIN2和CRP）和两个具有HR<1的预后基因（CAT和XBP1）。预后相关的signature可用于肺癌的预后和治疗预测。在这些signature中，使用三个基因（CAT，CYCS和MRPL44）形成一个预测LUAD预后的网络。结果显示，这个风险评分模型性能很好，并可以在独立队列中复制。