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运动神经元存活基因1(SMN1)检测试剂注册审查指导原则发布

文章来源:医疗器械创新网发布日期:2022-12-01浏览次数:24
本指导原则旨在指导注册申请人对脊髓性肌萎缩症相关基因运动神经元存活基因1(SMN1检测试剂注册申报资料的准备及撰写,同时也为技术审评部门提供参考。
本指导原则是对SMN1基因检测试剂的一般要求,申请人应依据产品的具体特性确定其中内容是否适用。若不适用,需具体阐述理由及相应的科学依据,并依据产品的具体特性对注册申报资料的内容进行充实和细化。
本指导原则是供注册申请人和技术审评人员使用的指导性文件,但不包括审评审批所涉及的行政事项,亦不作为法规强制执行,应在遵循相关法规的前提下使用本指导原则。如果有能够满足相关法规要求的其他方法,也可以采用,但是需要提供详细的研究和验证资料。
本指导原则是在现行法规和标准体系以及当前认知水平下制定,随着法规和标准的不断完善,以及科学技术的不断发展,相关内容也将适时进行调整。
一、适用范围
本指导原则适用于脊髓性肌萎缩症((spinal muscular atrophy,SMA)致病基因运动神经元存活基因1(SMN1)第7或第7、第8外显子拷贝数变异检测相关试剂的注册。预期用途限定为用于SMA的辅助诊断(遗传诊断)或携带者检测。本指导原则是基于qPCR建立,对于其他检测技术(如MLPA、数字PCR、熔解曲线法、测序法及质谱法等),可能部分要求不完全适用或本指导原则所述技术指标不够全面,申请人可以根据产品特性对不适用部分补充其他的评价和验证,但需阐述不适用的理由,并验证替代方法的科学合理性。
SMA及相关基因的背景信息请见附件。
二、注册审查要点
(一)监管信息
1. 产品名称及分类编码
产品名称应符合《体外诊断试剂注册与备案管理办法》及相关法规的要求,如运动神经元存活基因1(SMN1检测试剂盒(PCR-荧光探针法)。按照《体外诊断试剂分类规则》,该产品按照第三类体外诊断试剂管理,分类编码为6840。
2. 申请人还需提交产品列表、关联文件、申报前与监管机构的联系情况和沟通记录及符合性声明等文件。
(二)综述资料
综述资料主要包括概述、产品描述、预期用途、申报产品上市历史及其他需说明的内容。其中,需注意以下内容:
1. 产品描述中应详述检测原理、引物探针设计及其与检测位点的对应关系,选择依据以及结果判断等。拷贝数分析建议包括SMN1基因第7外显子或第7、8外显子,明确区分SMN1SMN2的原理。
2. 与同类和/或前代产品的比较,应着重从方法学、检验原理、检测的基因名称、检测靶点、变异类型以及临床意义等方面详细说明申报产品与目前市场上已获批同类产品之间的主要区别,并明确申报产品优势与患者受益情况。
3. 预期用途需明确适用人群、样本类型、基因名称、检测位点、变异类型及临床用途。需提交SMA的发病原因、临床症状、流行病学特征、该疾病相关诊断及有效治疗方法,明确现有方法临床应用的优缺点。提交SMA基因型分布的背景资料,明确基因名称、基因组位置、基因转录本号。对于拷贝数变异,需明确检测靶点、选择依据及行业认可证据,详述变异信息、致病作用机制、遗传模式、变异后果、变异检出率以及境内外人群数据等, 提交参考的数据库及支持性文献等。申请人需根据产品设计及临床研究合理声称适用人群及预期用途。
综述资料应符合《体外诊断试剂注册与备案管理办法》和《关于公布体外诊断试剂注册申报资料要求和批准证明文件格式的公告》。
(三)非临床资料
1. 产品技术要求及检验报告
1.1 产品技术要求
申请人应当在原材料质量和生产工艺稳定的前提下,根据产品研制、前期评价等结果,依据国家标准、行业标准及有关文献资料,结合产品特性按照《医疗器械产品技术要求编写指导原则》(2022年第8号)的要求编写指导原则。该类产品作为三类体外诊断试剂,应将主要原材料及生产工艺要求等内容作为附录附于技术要求正文后。
如有适用的国家标准、行业标准,产品技术要求的相关要求应不低于相应的要求。
1.2 产品检验报告
根据《体外诊断试剂注册申报资料要求和批准证明文件格式的公告》的要求,申请人应当提供三个不同生产批次产品的检验报告,有适用的国家标准品的,应当使用国家标准品对产品进行检验。报告形式可为申请人出具的自检报告或委托有资质的医疗器械检验机构出具的检验报告。申请人开展自检的,应当符合《医疗器械注册自检管理规定》及相关法规的要求。
2. 分析性能研究
申请人应根据产品特性提交详细的分析性能评估资料,包括试验地点、适用仪器、试剂规格、批号、试验方法、试验样本(需明确类型、来源、数量、处理方法、SMN1SMN2拷贝数及其确定方法等)、可接受标准、统计方法、试验数据及结论等,并需对SMN1SMN2之间的相互影响进行充分评估。分析性能评估的试验方法可以参考国内外有关体外诊断产品性能评估的指导原则。
如试剂用于不同适用机型,需要在不同机型上分别进行性能评估。
每项性能评估应尽量采用与适用样本类型一致的临床样本,并应涵盖正常人、携带者(如适用)及患者的不同样本。
2.1样本稳定性
样本稳定性一般包括样本各种实际运输及储存(常温、冷藏和冷冻)条件下的保存期限验证,以确认样本的保存条件及保存时间。可以在合理的温度范围内,每间隔一定的时间段即对储存样本进行验证,从而确认不同类型样本的稳定性。可冷冻保存的样本还应对冻融次数进行合理验证。
如核酸提取液可保存,还需对核酸提取液的保存条件和保存时间进行研究。
2.2 适用的样本类型
如果试剂适用于多种样本类型,应采用合理方法对每种样本类型及添加剂(如抗凝剂)进行适用性的研究确认。对于不同的样本类型应分别提交相应的分析性能评估资料。
2.3核酸提取/纯化性能
在进行靶核酸检测前,应有适当的核酸提取/纯化步骤。该步骤应大量分离和纯化目的核酸并尽可能去除PCR抑制物。无论检测试剂是否含有核酸提取/纯化组分,申请人都应对配套使用的核酸提取/纯化方法的提取效率和提取核酸纯度、浓度、检测限、精密度等进行充分的验证,并评价该方法能否满足该类产品的要求。不同样本类型应分别进行核酸提取/纯化性能的研究验证,并明确提取核酸的质量评价标准。
2.4 检测准确性
建议采用若干份临床样本验证该类产品的检测准确性,样本类型与说明书声称的样本类型一致,样本应涵盖所有可检测的基因拷贝数,建议对低、中、高不同DNA浓度的样本进行研究。提供所有试验用样本来源、型别及拷贝数确认等试验资料。
2.5精密度
SMN1精密度评价应至少包含0拷贝、1拷贝及2拷贝SMN1基因的不同临床样本,试验操作完全按照说明书执行,包含核酸提取/纯化等步骤。应对每一反应体系进行精密度评价。
精密度评价需满足如下要求:
2.5.1对可能影响检测精密度的主要因素进行验证,除检测试剂本身外,还包括分析仪器、操作者、地点、时间、检测轮次和试剂批次等。
2.5.2设定合理的精密度评价周期,对批内/批间、日内/日间以及不同操作者之间的精密度进行综合评价。如有条件,申请人应选择不同的实验室进行重复试验以对室间重复性进行评价。
2.5.3用于精密度评价的临床样本至少设置低浓度和中/高浓度水平。
2.5.4精密度指标可设置为CV等(如有),申请人应对精密度指标评价标准做出合理要求。
2.6 检测限
SMN1 拷贝数检测的检测限包括高和低检测限。
低检测限可定义为在满足一定的检测准确性和精密度的条件下,能够检出目标基因不同拷贝数的低人基因组DNA浓度。
低检测限的确立:可采用包含不同SMN1拷贝数的临床样本进行研究,对于罕见型别可采用人源性细胞系。对人基因组DNA样本梯度稀释,对每个浓度水平重复检测3~5次,可通过以可检出的低浓度作为估计检测限,然后在此浓度附近制备若干浓度梯度样本,每个浓度至少重复20次检测,将具有95%检出水平浓度作为低检测限。
低检测限的验证:应对试剂盒涵盖的所有的检测位点进行检出能力的验证,至少包括含有0、1、2拷贝SMN1基因第7外显子或第7、第8外显子的临床样本。
同时,申请人亦应评价产品可准确检出SMN1不同拷贝数的人基因组DNA浓度上限,即适当检出率水平下的高人基因组DNA浓度,建议采用含有高拷贝SMN2基因的不同SMN1基因型样本进行高检测限的建立和确认研究。样本要求同低检测限评价要求。
应提供所有试验用样本来源、型别、样本浓度及SMN1SMN2拷贝数确定的方法等试验资料。
2.7分析特异性:
分析特异性受干扰和交叉反应的影响。申请人应对样本中常见的干扰物质和可能引起交叉反应的物质进行研究。
2.7.1交叉反应:
申请人应针对微生物(如适用)、核酸序列相近或具有同源性、以及其他易引起交叉反应的变异类型序列进行交叉反应研究。申请人应说明交叉反应样本的来源、制备方法、基因拷贝数确认方法,提交详细的验证资料。同时申请人还应验证检测靶序列范围内常见突变位点的交叉干扰。
申请人应对SMN2对SMN1交叉干扰进行研究。应对不同SMN1SMN2的拷贝数组合进行充分验证。如含有高拷贝SMN2(4~5拷贝)的高浓度样本对SMN1的不同拷贝数产生的交叉干扰反应(应包括第7外显子或第7、第8外显子)。
申请人应提交交叉反应序列的选择依据,说明交叉反应样本的来源/制备方法、核酸序列确认方法,提交详细的验证资料
2.7.2应针对可能的内源和外源性干扰物进行干扰试验研究。内源干扰物主要涉及血脂、胆红素、血红蛋白和白蛋白,外源干扰物主要包括适用人群血液样本采集可能用到的抗凝剂、常用药物及其他可能引入的干扰物质等。针对不同样本类型,建议分别进行相应的干扰研究。
干扰试验可通过在临床样本中人工添加干扰物质的方式,评价干扰物质对目标序列检测的影响,也可直接采集暴露于干扰因素后的受试者样本,进行干扰试验评价。建议申请人在每种干扰物质的潜在大浓度(“差条件”)条件下进行评价;如有干扰,应确定不产生干扰的高浓度。
2.8对于采用2-ΔΔCt法的试剂,需提交目的基因和内参基因扩增效率一致性研究资料。
3. 稳定性研究资料
申报试剂的稳定性主要包括实时稳定性(有效期)、使用稳定性(如开瓶稳定性、复溶稳定性(如适用)、机载稳定性(如适用)等)、运输稳定性、冻融次数限制(如适用)研究等。申请人可根据实际需要选择合理的稳定性研究方案。稳定性研究资料应包括研究方法的确定依据、具体的实施方案、详细的研究数据以及结论。
实时稳定性研究应采用至少三批样品在实际储存条件下保存至成品有效期后,选取多个时间点进行产品性能评价,从而确定产品保存条件和有效期。
4. 阳性判断值或参考区间研究资料
建议申请人纳入一定数量的临床样本,结合产品特性可采用受试者工作特征(ROC)曲线或其他合理方法对产品用于结果判断的标准/临界值进行研究确认。样本应包括来自正常人、携带者及患者不同拷贝数的各种基因型(如至少应包含0、1、2拷贝数SMN1基因的样本),申请人应详细阐述所采用方法的选择依据(如权威文献、行业共识等),并详细阐述计算公式和各参数代表的意义。
应提交详细研究方案,试验数据和统计分析过程。明确所用样本类型、样本来源、样本量估算的方法、样本例数、临床背景信息、基因型及拷贝数确认过程及数据等信息。
如试剂判读存在灰区,应解释说明灰区范围的确定方法。灰区的设定应提交理论和实际试验结果的依据,并在说明书【阳性判断值】和【检验结果的解释】项进行解释说明。
5. 其他资料
5.1主要原材料研究资料
主要原材料研究资料包括主要反应成分、对照品/质控品及企业参考品的研究资料。
5.1.1此类产品的主要反应成分一般包括人基因组核酸提取/纯化试剂、检测所需引物、探针、酶、dNTPs等。申请人应提交相关原材料的来源、选择、制备方法的研究资料,质量分析证书,质量标准的制定和检验资料。如为申请人自制,应提交详细的工艺稳定性研究资料;如为外购,还应提交供应商筛选资料以及供应商提供的原材料质量检定报告。如适用,提交企业参考品的研究资料,包括来源、组成、阴阳性和/或量值确认等。
5.1.1.1核酸提取/纯化试剂(如有)的主要组成、原理介绍及相关的验证资料。如产品不包含提取试剂,则需明确配套的核酸提取/纯化试剂并提交相应的提取效率验证资料。
5.1.1.2引物、探针
申请人应详述SMN1及内控基因(如适用)引物探针的设计原则、靶基因座位选择、靶基因信息(基因名称、参考序列号),同时应提供引物探针核酸序列、模板核酸序列及两者对应关系。建议设计多套引物探针以供筛选,针对待测位点的准确性、特异性等进行评价,选择佳设计,并提交详细的筛选研究数据。
申请人应针对选定的引物探针原材料进行质量评价,一般包括:序列准确度、纯度(HPLC纯等)、浓度、探针荧光标记基团的激发波长和发射波长(如适用),以及功能性试验等,并依据评价结果建立合理的质量标准。
由于SMN1SMN2高度同源,只有5个碱基不同,应从产品设计开发角度详述如何避免SMN1SMN2的相互影响。
5.1.1.3酶
酶包括DNA聚合酶和/或尿嘧啶DNA糖基化酶(UDG/UNG)等。申请人应针对各种酶的活性进行验证,提交功能性试验资料,并确定酶的质量标准。如有降低Taq酶非特异性扩增的措施,需详细描述(例如采用热启动酶,Taq抗体等)。
DNA聚合酶应具有DNA聚合酶活性,无核酸内切酶活性,具有5’-3’外切酶活性(如适用),具热稳定性。UDG/UNG应具有水解尿嘧啶糖苷键的活性,无核酸外切酶及核酸内切酶活性。
5.1.1.4脱氧核糖核苷三磷酸(dNTPs)
包括dATP、dCTP、dGTP、dTTP或dUTP;应提交对其纯度、浓度等的验证资料,以及功能性试验资料,并确定质量标准。
5.1.2对照品/质控品
试剂盒应根据检测原理设置各种对照品(质控品)、质控探针(如适用)来实现对产品整个反应体系的有效监控。通常至少包括含有0拷贝、1拷贝及2拷贝SMN1第7外显子或第7、8外显子的对照品和空白对照。空白对照为不含靶核酸的溶液。
申请人应对管内抑制导致的假阴性结果进行质量控制,明确所采取的具体措施(如设置内标等)、选择依据,并提交相应研究资料。
对照品可采用人基因组DNA、细胞系提取的基因组DNA或质粒等。对照品应参与样本核酸的平行提取。申请人应提供对照品原料选择、制备、基因序列确认、拷贝数及浓度确定过程、内参基因与靶基因的比例确定等的详细研究数据,并对其检测结果做出明确的范围要求。
产品如涉及用于拷贝数计算的内控基因及对照品, 需提供内控基因的选择依据、内控基因与靶标之间的相互影响、对照品的选择依据、原料来源、制备过程、基因拷贝数确认及DNA浓度确定等的详细研究资料,并提交质量标准建立资料,建议采用临床样本或细胞系或其提取的基因组DNA。
5.1.3企业参考品
SMN1拷贝数变异检测试剂的企业参考品主要包括SMN1