近期,美国北卡罗来纳州立大学的科学家开发出一个可将DNA序列转译成图像的新工具,这将有助于鉴别导致癌症、亨廷顿氏症以及其他遗传疾病的DNA图谱的实时变化,从而使研究人员能更迅速、更有效地区分遗传模式。
据了解,该项研究由北卡罗来纳州立大学计算机科学系博士生戴维.考克斯设计。考克斯对该个工具的工作原理进行了详细的介绍:DNA由4种核苷酸组成,分别用字母A、T、G和C表示,这些核苷酸的每三个字母串,如AAA或ATG等称为3基体(3-mers)。考克斯解释说,有64种3基体,每个3基体用数字0至63来表示。符号散点图工具将用一个很长的字符串来表示DNA序列,并将其以一个个的3基体形式分开。为每个3基体画一个点,将数字0至63作为Y轴。X轴则代表3基体出现在基因序列中的顺序。由此产生的散点图就可揭示原始DNA中的有趣图样。将这些散点串在一起就能制成动画用来比较DNA序列。考克斯选择3基体的原因是其与密码子相关,密码子是人体在生产蛋白质过程中插入一个特定氨基酸所用的遗传代码。
确定DNA序列中的图样是很重要的,因为它能帮助研究人员在癌症等疾病患者和健康人之间鉴别实时的基因变异。改进相关DNA序列的鉴别力,将有望加快开发出各种疾病的更成功的治疗方法,并允许研究人员将重点放在和疾病相关的部分DNA上,使人们增强对这些疾病遗传机制的了解。
【编 辑:侯 婷】