淋巴瘤进行哪些基因检测可以辅助诊疗？

新的淋巴瘤分类（成熟淋巴肿瘤国际共识分类和第5版WHO淋巴肿瘤分类）将遗传学作为淋巴瘤诊断的一个组成部分，促使更好的淋巴瘤细分，患者风险分层和治疗反应预测。淋巴瘤存在一些高频疾病特异性突变，大多数亚型具有异质性分子图谱，突变基因很多。其中大多数发生频率较低，反映了淋巴瘤的临床异质性。多项研究识别了改善诊断和预后的分子标志物，NGS正成为临床实验室的重要工具。本综述为淋巴瘤提供了NGS指导。讨论了常见的成熟淋巴瘤亚型中具有诊断、预后和预测潜力的基因变异，并提出了用于B细胞和NK/T细胞淋巴瘤突变和拷贝数变异检测的靶向测序panel。

研究背景

成熟淋巴瘤（霍奇金淋巴瘤（HL）和非霍奇金淋巴瘤（NHL））是常见的血液系统实体肿瘤。随着高通量分子检测的开展，对淋巴瘤分子特征的了解加深。淋巴瘤的分类仍然主要基于形态学、免疫表型和一些遗传特征。成熟淋巴瘤的新分类，成熟淋巴肿瘤国际共识分类（ICC）和第5版世界卫生组织（WHO）淋巴肿瘤分类，已经纳入了新开发的技术来改善淋巴瘤分类，分子变异现在是淋巴瘤诊断标准的一部分。

正在使这些高通量技术标准化，以实现其全面和成功的临床应用，但关于测序方法仍然存在很多争议。关键的问题之一是测序panel的选择和组成。理想的panel应有助于诊断、预后、治疗选择和监测，但要足够小，以便广泛和统一使用。对整个外显子组或基因组进行测序的能力正在稳步增长。尽管如此，定制panel是目前扩大此方法适用性的可及的选择。这些靶向panel能够以较高的灵敏度和较低的成本深入地分析少量基因。可以使用基于扩增子或捕获的测序panel。基于捕获的panel不仅可以检测单核苷酸变异（SNV）和插入缺失（indel），还可以检测拷贝数变异（CNA）和一些结构变异。然而，结构变异的检测需要进一步改善。此外，样本管理、panel组成、测序程序、生物信息学分析和变异解释的标准化对于开发有用的临床工具至关重要。

本综述旨在总结各种淋巴瘤亚型的重要分子特征，描述与每种亚型相关的基因，大规模测序或NGS panel可包含这些基因。

成熟B细胞淋巴瘤

慢性淋巴细胞白血病

慢性淋巴细胞白血病（CLL）是一种低级别淋巴组织增生性疾病，其特征是血液、骨髓、淋巴结和脾脏中成熟（通常CD5+）B细胞克隆性增殖和积蓄。

超过80%的CLL患者存在一些细胞遗传学异常，根据荧光原位杂交（FISH）检测结果将患者分为不同的风险组：约55%的患者发生13号染色体长臂缺失（del（13q））；12号染色体三体是第二常见的染色体异常（发生率为10%-20%）；约25%的未接受过化疗的晚期患者和10%的早期疾病患者伴有11号染色体长臂缺失（del（11q））；5-8%的未接受过化疗的患者伴有17号染色体短臂缺失（del（17p））。只有del（17p）被认为是不良预后因素。CLL中其他常见的异常包括6q缺失（5%）和2p扩增（5-16%）等。

免疫球蛋白重链可变区（IGHV）体细胞超突变（SHM；IGHV序列相似性<98%，突变的CLL，M-CLL）的预后优于没有突变（未突变的CLL，U-CLL）。发现，在CLL中发生率约为5-15%的IGLV3-21R110突变可导致预后不良，与IGHV突变状态无关。TP53突变见于4-37%的CLL患者，可以单独发生，也可以与del（17p）共存，后者更常见。TP53突变与对化疗敏感性较低和总生存期（OS）较短有关。NGS研究识别了其他与预后相关的基因突变，如BIRC3，NOTCH1，SF3B1，MYD88，ATM，FBXW7，POT1，NFKBIE，CHD2，RPS15，IKZF3，ZNF292，ZMYM3，ARID1A和PTPN11。

Richter转化定义为CLL转化为侵袭性淋巴瘤，常见的是弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）。这些患者对传统化疗的反应通常比新发DLBCL差。此外，其突变模式与DLBLC，非特指型（NOS）不同。Richter转化的风险与既往治疗、U-CLL、NOTCH1突变、del（17p）和del（11q）有关。

BTK、PLCG2和CARD11突变与BTK抑制剂耐药有关，BCL2突变与维奈克拉耐药有关。因此，CLL在免疫化疗和靶向治疗之间的选择很大程度上取决于17p/TP53和IGHV状态。尽管治疗选择并不严格要求测序数据，但这些数据应纳入决策和随访。如上所述，一些分子变异是预后不良因素，似乎导致对常规化疗的反应较差，在考虑基于BTK或BCL2抑制剂的其他治疗方案时可能会有所帮助。

淋巴浆细胞淋巴瘤/华氏巨球蛋白血症

淋巴浆细胞淋巴瘤/华氏巨球蛋白血症（LPL/WM）是一种罕见的低级别B细胞淋巴瘤，年发病率为3-4例/百万人，特征为克隆性淋巴浆细胞骨髓浸润和免疫球蛋白M增高。由于缺乏特异性形态学、免疫表型或染色体特征，需要在排除其他小B细胞淋巴瘤后做出诊断。

尽管罕见，但近年来，随着MYD88和CXCR4基因高频突变的鉴定，我们对该疾病生物学的了解改善。超过90%的LPL/MW患者携带MYD88L265P突变。不过，这对于诊断非必要，不具有特异性，可见于其他B细胞淋巴瘤，例如非生发中心型（GC）DLBCL、CLL、脾边缘区淋巴瘤、原发性皮肤DLBCL、腿型DLBCL、原发性中枢神经系统DLBCL或睾丸DLBCL。然而，两种突变同时出现高度提示LPL/WM。MYD88L265P通过BTK触发肿瘤细胞生长，BTK是伊布替尼的靶标。CXCR4突变见于30%的LPL/WM患者，与较短的无治疗生存期相关，并导致对伊布替尼的耐药性。MYD88和CXCR4突变患者的疾病表现和对伊布替尼治疗的反应存在差异：有MYD88L265P、无CXCR4突变患者的总体缓解率为100%，共突变患者为85.7%，无突变患者为71.4%。

其他分子变异包括6q缺失（40%-60%的患者）、PRDM2和BTG1（约90%的患者）、HIVEP2、MKLN1、PLEKHG1、LYN、ARID1B、FOXP1和ARID1A突变。分子突变诊断方法，特别是NGS，有助于完善LPL/WM的诊断标准。除了辅助诊断，分子检测还可用于LPL/WM的风险分层和治疗计划。

边缘区淋巴瘤

边缘区淋巴瘤（MZL）是一组起源于边缘区B淋巴细胞的惰性B细胞淋巴瘤。主要为脾MZL（SMZL），伴或不伴绒毛淋巴细胞、淋巴结MZL（NMZL）和黏膜相关淋巴组织结外MZL（EMZL或MALT）。这些是不同的临床亚型，具有特定的诊断标准和不同的遗传特征、临床行为和治疗意义。MZL约占淋巴结边缘区GC后记忆B细胞起源的所有NHL的10%。有研究探索了MZL的基因图谱，揭示了不同亚型的突变基因存在相当大的重叠。

SMZL中广泛突变的基因是KLF2和NOTCH2。TP53和NOTCH1突变也较为常见。另外还有导致NF-κB通路激活的TNFAIP3、CARD11、MYD88（p.265热点外）或TRAF3突变，以及KMT2D、ARID1A和SIN3A等染色质重塑基因突变。超过30%的脾MZL伴有7q31-32缺失。

NMZL和SMZL有几个共同的变异。3号和18号染色体三体见于约 25%的SMZL和NMZL患者。NMZL的突变谱显示其他常见克隆异常，如7和12三体以及6q缺失。突变分析识别了KLF2，PTPRD，KMT2D，NOTCH2，LRP1B，TET2和TNFRSF14突变。NMZL中其他相对少见的分子变异包括BRAF，EZH2和HIST1H1E突变。

EMZL/MALT的发病机制与几种高频染色体异常有关，例如3、12、18三体，见于20-30%的患者。EMZL中几种染色体易位也较常见。常见的是t（11;18）（p21;q21），导致BIRC3和MALT1之间产生功能性嵌合融合产物。该易位与对抗生素的反应率低、幽门螺杆菌阴性、更晚期的疾病以及转化为DLBCL的风险较低有关。该易位对 EMZL具有特异性，在SMZL或NMZL中尚未报告。其他常见的易位包括t（3;14）（p14;q32）（FOXP1::IGH），见于约10%的EMZL患者；t（14;18）（q32;q21）（IGH::MALT1），存在于15-20%的非胃肠道EMZL中；t（1;14）（p22;q32）（BCL10::IGH）是一种罕见的易位，见于1-2%的EMZL。EMZL中有TNFAIP3（A20）所在染色体区域6q23纯合缺失的报道，可能通过诱导组成型NF-κB活化来促进淋巴瘤发生。MYD88突变可见于眼附属器MALT淋巴瘤（5%的患者），可激活NF-κB、STAT3和AP1转录因子。除了TNFAIP3和MYD88突变外，还发现了其他NF-κB调节因子变异（CD79A、CD79B、CARD11、BIRC3、TRAF3和TNFRSF11A）。上述参与NF-κB通路激活的高频分子变异是MALT淋巴瘤的潜在治疗靶点。

滤泡性淋巴瘤

滤泡性淋巴瘤（FL）是一种起源于GC B细胞的恶性肿瘤，是常见的惰性B细胞淋巴瘤。FL仍然是一种无法治的恶性肿瘤，但OS可能达20年。FL的一个关键标志是t（14;18）（q32;q21）IGH::BCL2易位，这是其肿瘤发生过程中的第一次打击。新的WHO和ICC分类列出了独特的FL亚型，如原位滤泡性B细胞肿瘤，十二指肠型FL，原发性皮肤滤泡细胞淋巴瘤，儿童型FL和睾丸FL。